对于母子公司间相互提供服务如何进行纳税处理的问题，国家税务总局《关于母子公司间提供服务支付费用有关企业所得税处理问题的通知》（国税发〔2008〕86号）明确规定，母公司为其子公司（以下简称子公司）提供各种服务而发生的费用，应按照独立企业之间公平交易原则确定服务的价格，作为企业正常的劳务费用进行税务处理。母公司向其子公司提供各项服务，双方应签订服务合同或协议，明确规定提供服务的内容、收费标准及金额等。凡按上述合同或协议规定所发生的服务费，母公司应作为营业收入申报纳税，子公司作为成本费用在税前扣除。母公司向其多个子公司提供同类项服务，其收取的服务费可以采取分项签订合同或协议收取，也可以采取服务分摊协议的方式，即由母公司与各子公司签订服务费用分摊合同或协议，以母公司为其子公司提供服务所发生的实际费用并附加一定比例利润作为向子公司收取的总服务费，在各服务受益子公司（包括盈利企业、亏损企业和享受减免税企业）之间按《企业所得税法》第四十一条第二款规定合理分摊。母公司以管理费形式向子公司提取费用，子公司因此支付给母公司的管理费，不得在税前扣除。
对于大型集团化企业，从节约企业成本等角度考虑，对于企业的特定生产经营活动，由母公司或核心型企业集中完成，较之各企业单独去完成可能更为节约，所以就出现了企业之间特别是集团化企业之间提供管理或者其他形式的服务这种现象。因为《企业所得税法》实行法人税制，所以对属于不同独立法人的母子公司之间，确实发生提供管理服务的管理费，按照独立企业之间公平交易原则确定管理服务的价格，作为企业正常的劳务费用进行税务处理是符合《企业所得税法》立法精神的。
《企业所得税法》第四十一条“企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整”。根据这一规定，母子公司之间在共同开发、受让无形资产，或者共同提供、接受劳务发生的成本以及其他各种服务提供方面，就需要按照独立交易原则进行计算确认。
此外，母公司向子公司提供综合管理以及其他服务，双方之间应该签订符合独立交易原则的服务合同或协议。向多个子公司提供同类型服务的，也可以采取由母公司与各子公司签订服务费用分摊合同或协议的办法，以母公司为其子公司提供服务所发生的实际费用并附加一定比例利润作为向子公司收取的总服务费，在各受益子公司（包括盈利企业、亏损企业和享受减免税企业）之间合理分摊。
年终进行企业所得税纳税申报，子公司申报向母公司支付的税前扣除服务费用时，应向主管税务机关提供与母公司签订的服务合同或协议等与该项费用税前扣除相关的材料。不能提供相关材料的，支付的服务费用是不能税前扣除的。
按照独立交易原则，母子公司之间提供服务支付的费用应该开具符合规定的发票，母公司确认为营业收入缴纳相应流转税，子公司相应计入成本费用处理。
